Το Συνέδριο της ΟΝΝΕΔ είναι το ανώτατο και κυρίαρχο όργανο της οργάνωσης.
Αποτελείται από τον Πρόεδρο της ΟΝΝΕΔ, τα μέλη της Κ.Ε. της ΟΝΝΕΔ, τους Προέδρους Νομαρχιακών Επιτροπών της ΟΝΝΕΔ και τους αιρετούς συνέδρους, οι οποίοι αποκτούν την ιδιότητα του Συνέδρου με τη συλλογή τριάντα ηλεκτρονικών υπογραφών από μέλη της ΟΝΝΕΔ, μέσω ειδικής ηλεκτρονικής πλατφόρμας.
Συνέρχεται τακτικά ύστερα από απόφαση της Κεντρικής Επιτροπής και κατόπιν προτάσεως του Προέδρου της ΟΝΝΕΔ κάθε τρία χρόνια.
Συνιστά το ανώτερο και κυρίαρχο όργανο της ΟΝΝΕΔ, καθώς εγκρίνει τη λογοδοσία της Κ.Ε. για όσα διαδραματίστηκαν κατά τη θητεία της, εκλέγει τον Πρόεδρο και τα μέλη της Κ.Ε. της ΟΝΝΕΔ, εκλέγει τους Συνέδρους της ΟΝΝΕΔ στο Συνέδριο της Νέας Δημοκρατίας, αλλά και τους εκπροσώπους της ΟΝΝΕΔ στην Π.Ε. της Νέας Δημοκρατίας, ορίζει το ευρύτερο πλαίσιο δράσης της ΟΝΝΕΔ σε ζητήματα Νεολαίας, εγκρίνει τις υποψηφιότητες των μελών της ΟΝΝΕΔ για θέσεις εκπροσώπων σε όργανα διεθνών ενώσεων και κομματικών νεολαίων, επιλέγει τα μέλη του Διοικητικού Συμβουλίου της Πολιτικής Ακαδημίας της ΟΝΝΕΔ, κατόπιν προτάσεως του Προέδρου και ακρόασης των υποψηφίων και απονέμει τον τίτλο του μέλους επί τιμή σε προσωπικότητες που τίμησαν με το έργο τους την Οργάνωση, το Κόμμα ή το κοινωνικό σύνολο ευρύτερα.